Bir sanal gerçeklik oyunu olan The New Gate'de binlerce insanla birlikte mahsur kalan elit oyuncu Shinya Kiritani, oyunu temizlemeye ve sonunda eve dönmeye karar verir. Ancak son boss'u tek başına yenmeyi başaran Shinya, yeni bir dünyaya taşınır; görünüşe göre az önce kaçtığı dünyadan hiçbir farkı yoktur.

Shinya, oyun menüsü ve becerileri değişmediği sürece bu tuhaf tanıdık dünyayı terk edemeyeceğini keşfeder. Bu yeni boyutlu hapishaneden kaçmanın bir yolunu arayan Shinya, Shinya'nın eski parti üyelerinden biri olan Schnee Raizar'ın himayesi altındaki otel resepsiyonisti Tiera Lucent ile karşılaşır. Bu umut ışığıyla Shinya, Schnee ile yeniden bir araya gelmeye ve Yeni Kapı hakkındaki gerçeği bulmaya çalışır.